En 1861, después de encarcelar, silenciar, exiliar, y ejecutar a muchos de sus oponentes y por motivos políticos y económicos, Pedro Santana firmó un pacto con la Corona Española y revirtió la nación dominicana al estado colonial, el único país latinoamericano en hacerlo. Su propósito ostensible era proteger a la nación de otra anexión de Haití. Pero los opositores lanzaron la Guerra de la Restauración en 1863, dirigida por Santiago Rodríguez, Benito Monción, y Gregorio Luperón, entre otros. Haití, por temor de que España volviera como potencia colonial en su frontera, dieron refugio y suministros a los revolucionarios. Los Estados Unidos, que en ese entonces tenían su guerra civil, protestaron enérgicamente por la acción española. Después de dos años de lucha, España abandonó la isla en 1865.
Los conflictos políticos reinaron de nuevo en los años siguientes; regía un estado de guerra, las revueltas militares eran muy comunes, y la nación acumulaba más y más deuda. Tras tomar Báez posesión, tramaba su plan de anexión del país a los Estados Unidos, donde el gobierno de ese entonces le dio su apoyo. El presidente de los Estados Unidos Ulysses S. Grant pidió una base naval en Samaná y también un lugar para el asentamiento de los negros recién liberados. El trato, que incluía el pago por EE.UU. de US $ 1,5 millones para la amortización de la deuda dominicana, fue rechazada en el Senado de Estados Unidos en 1870.
Báez fue derrocado en 1874, regresó y volvió a ser derrocado, pero esta vez para siempre en 1878. Una nueva generación de políticos surgió, con la eliminación de Santana (quien murió en 1864) y Báez de la escena política. Una relativa paz llegó al país en la década de 1880, que vio la llegada al poder del general Ulises Heureaux.
"Lilís", como fue apodado el nuevo presidente, disfrutó de un breve período de popularidad. Fue, sin embargo, "un simulador", que metió a la nación en una deuda profunda, mientras utilizaba la mayor parte de las ganancias para su uso personal y para mantener su estado policial. Heureaux fue un rampante déspota e impopular. En 1899 fue asesinado. Sin embargo, la relativa calma después de su muerte permitió una mejoría en la economía dominicana. La industria azucarera se modernizó, y el país atrajo a trabajadores extranjeros y los inmigrantes, tanto desde del Viejo Mundo como del Nuevo.
A partir de 1902, los gobiernos de periodos cortos volvieron, el poder era usurpado por caudillos en las regiones del país. Por otra parte, el gobierno dominicano estaba en bancarrota y sin poder pagar las deudas que dejó Heureaux, ante la amenaza de una intervención militar de Francia y otras potencias acreedoras de Europa.
